Фамилия Негматуллаев — яркий пример того, как русская словообразовательная модель «наложилась» на арабское имя. Основа здесь — популярное в исламском мире имя Негматулла (в более точной транскрипции — Нигматулла или Ногматулла). Оно составное, и его смысл прозрачен: «милость Аллаха» или «благодать Божья» (от арабских корней «нигмат» — благо, милость, и «Аллах» — Бог). Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком, которому дали имя с религиозным, благодарственным значением.

Фамилию образовали по стандартному русскому патронимическому принципу: к основе имени добавили суффикс -ев, означающий «сын» или «потомок». Так что Негматуллаев буквально — «сын Негматуллы». Важно заметить, что в русском языке имя Негматулла часто записывали через «е» (Негматулла), хотя в арабском произношении первый гласный ближе к «и». Поэтому фамилии Негматуллаев и Нигматуллаев — это не разные корни, а варианты одной и той же фамилии, различающиеся лишь адаптацией звука при переходе в русскую письменность.

Географически фамилия типична для народов, традиционно исповедующих ислам и живущих в России или на постсоветском пространстве: татар, башкир, узбеков, таджиков, а также народов Кавказа. Встречается она и в Средней Азии, и в Поволжье. В русском ономастическом контексте это сравнительно поздняя фамилия: она не могла возникнуть раньше, чем русская административная система стала фиксировать фамилии у мусульманских народов, то есть в основном в XIX — начале XX века.

Стоит отметить, что фамилия не имеет отношения к каким-либо сословиям или ремёслам — она чисто патронимическая, образованная от теофорного имени. Её носители могли быть кем угодно: крестьянами, купцами, духовными лицами. Единственное, что объединяет всех Негматуллаевых, — это происхождение от человека, чьё имя выражало глубокую религиозность и благодарность высшим силам.