Фамилия Негматуллин — яркий пример того, как арабское по происхождению имя прижилось в тюркской среде и затем оформилось по русской модели. В основе лежит мужское личное имя Негматулла (в более точной транскрипции — Нигматулла), которое состоит из двух арабских корней: «нигмат» (благо, милость, благодать) и «Аллах» (Бог). Таким образом, имя Нигматулла переводится как «благо Аллаха», «милость Божья» — распространённый тип теофорных имён в исламской традиции.

Фамилию образовали с помощью русского патронимического суффикса -ин. В русской модели фамилий на -ин обычно указывают на принадлежность к отцу: «чей?» — Негматуллин, то есть сын Негматуллы. Это стандартный способ русификации тюркских и арабо-персидских имён у татар, башкир и других народов Поволжья и Урала. Аналогично образованы фамилии Абдуллин, Галиуллин, Хайруллин.

Интересно, что в самом арабском языке ударение падает на второй слог — Нигматулла, а в русской передаче через «е» (Негматулла) закрепилось под влиянием тюркского произношения. В татарском и башкирском языках звук «и» в начале слова часто переходит в «ы» или редуцируется, что и дало вариант с «е» на письме. Поэтому фамилия Негматуллин и её вариант Нигматуллин — это не ошибка, а две равноправные исторические формы.

Носители фамилии традиционно сосредоточены в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и у казахов (как Нигматуллин), но именно форма с «е» более характерна для волго-уральских татар. Сословного барьера фамилия не имела: её могли носить как муллы и торговцы, так и крестьяне, поскольку имя было распространённым среди разных слоёв.