Фамилия Немакина — женская форма фамилии Немакин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Немака. Основа здесь — отрицательная частица «не» и глагольный корень «-мак-», родственный словам «макать», «макнуть». В русских говорах «немака» могли называть человека, который не макает — то есть не обмакивает хлеб в соль или квас, не погружает что-то в жидкость. Однако более вероятно, что прозвище носило переносный смысл: «не макать» означало «не лезть в дела», «не вмешиваться», и Немака — это нерасторопный, медлительный или, наоборот, осторожный человек, сторонящийся хлопот.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Немакин — сын или потомок Немаки. Встречается и вариант без суффикса — фамилия Немака, но она редка. С точки зрения географии, фамилия Немакина тяготеет к северным и центральным регионам России, где такие прозвищные формы с отрицанием («не-» + глагол) были особенно распространены: ср. Непейвода, Нелюб, Несмеян.

В ономастике есть и альтернативная версия, связывающая корень с диалектным «макать» в значении «просить милостыню» (от «макнуть» — попрошайничать). Тогда Немака — тот, кто не просит, не нищенствует, то есть человек самостоятельный или гордый. Эта версия менее убедительна, так как глагол «макать» в таком значении узко локален и не зафиксирован в основных словарях русских говоров.

Встречаемость фамилии невысока, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, от одного родового гнезда. В дореволюционных переписях Немакины фиксируются в основном среди крестьян и мещан, без привязки к дворянству. Таким образом, фамилия Немакина — это память о прозвище предка, которого в деревне знали как человека, не склонного к суете или попрошайничеству, и эта черта закрепилась в родовом имени.