Фамилия Немаров — редкий случай, когда корень слова не описывает занятие или внешность предка, а отрицает нечто. Основа «немар» почти наверняка восходит к древнерусскому глаголу «марать» (пачкать, чернить, портить). Приставка «не-» в прозвищах часто служила для обозначения противоположного качества: Немар — тот, кто не марает, то есть чистоплотный, опрятный, аккуратный человек. В крестьянской среде, где работа с землёй, скотом и ремеслом постоянно пачкала руки и одежду, такое прозвище могло быть либо насмешкой над чрезмерным чистюлей, либо, наоборот, уважительной характеристикой.

Модель образования фамилии стандартна для центральной России: прозвище Немар + патронимический суффикс -ов. Фамилия означает «сын Немара» и оформилась в XVI–XVII веках, когда основная масса русских фамилий закреплялась через отчество. Суффикс -ов указывает на то, что предок жил в зоне распространения северного или восточного наречия (владимирские, костромские, ярославские земли), где преобладала именно эта форма, а не -ин.

Существует и менее вероятная, но не исключённая версия: связь с тюркским словом «намар» (молитва) через диалектное искажение. В этом случае Немаров мог быть прозвищем человека, который не совершал намаз — то есть не мусульманина в окружении татар или башкир. Однако для русской ономастики такая гипотеза слабая и не подкреплена массовыми примерами, в отличие от сотен фамилий, образованных от глаголов с отрицанием (Неверов, Нелюбов, Некрасов).

Фамилия Немаров — недворянская, не духовная. Она из разряда «простых» крестьянских или посадских прозвищных фамилий, которые не зафиксированы в старых боярских родословных книгах. Географически в дореволюционных метрических книгах она встречается разрозненно: есть записи по Рязанской губернии, по югу Вятской и единичные в Черниговской. Это подтверждает, что фамилия возникала независимо в разных местах у разных родов — общего «гнезда» Немаровых не было.