Фамилия Немарский образована от мирского имени Немар, которое в свою очередь восходит к нарицательному «мара» с отрицательной приставкой «не». «Мара» — это морока, наваждение, обман чувств, призрак. Имя Немар, скорее всего, относится к охранительным именованиям: нарекая ребенка Немаром, родители словно заклинали злые силы, желая, чтобы их сына обошли стороной беды и наваждения. Потомок человека с таким именем со временем получил фамилию Немарский.

Мирские имена, в основе которых лежали понятия «нечисти» или «наваждения», были не редкостью в древнерусской традиции. Их смысл — обмануть злых духов, показать им, что ребенок не представляет ценности, либо вовсе не существует, раз его зовут «не-мара». Суффикс -ский в фамилии указывает на модель образования, типичную для фамилий, возникших в среде духовенства или западнорусских землях, хотя не исключено и позднее оформление фамилии по аналогии с соседними.

Сама основа Немар встречается в русской ономастике крайне редко, что делает фамилию заметной на фоне более частотных образований. Сравните с однокоренными фамилиями типа Маров, Марич, Мороков — все они связаны с той же семантикой, но Немарский выделяется именно охранительным значением.