Фамилия Немнонов звучит так, будто её носитель родом откуда-то с берегов Немана. И это, скорее всего, правда. В основе фамилии лежит прозвище Немнон — диалектное название реки Неман, протекающей по Белоруссии, Литве и Калининградской области России. В нижнем течении Неман служит границей между Россией и Литвой. Так что предок обладателя фамилии Немнонов, вероятно, был выходцем из селения в долине этой реки, и земляки прозвали его по месту жительства.

Модель образования простая и типичная для русских фамилий: к основе Немнон добавили патронимический суффикс -ов, который отвечал на вопрос «чей?». Первоначально Немнонов означало «сын Немнона», а затем закрепилось как наследственная фамилия.

Есть и вторая версия, но она заметно слабее. Согласно ей, прозвище Немнон восходит к диалектному прилагательному «немний» — неловкий, непроворный. Тогда прозвище могло закрепиться за нерешительным, медлительным человеком. Однако против этой гипотезы говорит то, что слово «немний» крайне редко встречается в говорах и не образует устойчивых прозвищ, тогда как связь с гидронимом Неман лежит на поверхности.

Интересно, что фамилия Немнонов почти не встречается в центральных русских областях. Её география тяготеет к западу — к Смоленщине, Брянщине и другим регионам, исторически связанным с бассейном Немана. Это дополнительно подтверждает «речную» версию происхождения. В документах фамилия фиксируется редко, что говорит о её локальном бытовании и, возможно, позднем оформлении — в XIX веке, когда крестьяне западных губерний массово получали фамилии по месту рождения или по прозвищам отцов.