Фамилия Ненахов происходит от старинного славянского имени-оберега Ненах. В древности родители, опасаясь сглаза и болезней, нарочно давали детям «охранительные» имена с отрицанием: Некрас, Немил, Неждан. Считалось, что злые силы не позарятся на ребёнка с таким именем — ведь он «не наш», чужой, а значит, и портить его незачем. Надеясь вырастить красивого и здорового сына, его могли назвать Ненахом, то есть «не нашим», «не своим» — чтобы уберечь от бед.

При образовании прозвища, а затем и фамилии произошла любопытная звуковая замена: согласный Ш перешёл в Х. Вместо ожидаемого «Ненашев» закрепилась форма Ненахов. Это не единичный случай в русской ономастике — подобные фонетические сдвиги встречаются в народной речи, где твёрдый Х нередко вытеснял мягкое Ш.

Мирское имя Ненах, лёгшее в основу фамилии, бытовало в крестьянской среде задолго до повсеместного введения фамилий. Потомки человека по прозвищу Ненах со временем получили фамилию Ненахов, которая закрепилась за их родом. Суффикс -ов указывает на принадлежность: буквально «сын Ненаха», «из семьи Ненаха».

Стоит заметить, что фамилия Ненахов встречается в южнорусских и украинских говорах, где имя Ненаш (с мягким Ш) также известно. В украинском языке есть фамилия Ненаш, а русская форма Ненахов — результат той самой замены звука. Родственные фамилии — Ненашев, Ненашкин — сохранили исходный согласный, тогда как Ненахов пошёл по другому пути.