Фамилия Неродейник — один из тех редких случаев, когда прозвище не просто дали человеку, а закрепили за ним в официальной записи, не смягчив суффиксом. В её основе лежит древнерусское слово «неродь» — неурожай, голодный год. Человек, родившийся в такое время, получал имя-оберег Неродь или Неродей: считалось, что имя с отрицанием «не» оттолкнёт злую судьбу и на самом деле принесёт достаток. Это типичная для дохристианской Руси практика — называть детей Неждан, Некрас, Немил, чтобы уберечь от сглаза и бед.

Суффикс «-ник» в фамилии указывает на принадлежность к определённому роду занятий или свойству: Неродейник — «тот, кто из рода Неродея» или «человек, связанный с неродью». В белорусских и украинских говорах, где фамилия встречается чаще, «неродейник» могло означать и крестьянина, вынужденного брать землю на неудобьях, где урожай всегда скудный. В переписях XVII–XVIII веков такие прозвища нередко закреплялись за целыми семьями в полесских и черниговских землях — там, где неурожаи были обычным делом, а память о голодных годах жила в фамилиях.

Форма на «-ник» — редкая для русских фамилий, образованных от прозвищ; чаще встречаются притяжательные суффиксы «-ов» или «-ин». Неродейник стоит в одном ряду с такими же «ремесленными» вариантами, как, например, Бездельник или Неудачник, но в отличие от них не несёт явной отрицательной оценки — скорее, фиксирует обстоятельства рождения или хозяйственную неустроенность. В современных базах фамилия почти не встречается за пределами Гомельской и Брянской областей, что подтверждает её узколокальное происхождение.

Споров вокруг этимологии почти нет: корень «род» здесь прозрачен, а приставка «не» и суффикс «-ей» (как в словах «богатей», «грамотей») образуют имя деятеля — «тот, кто не родит» или «тот, кто при неурожае». Версия о связи с личным именем Нерод (от греческого Неродот, «дар реки») — натяжка: в славянской ономастике такие заимствования единичны и не дают объяснения суффиксу.