Фамилия Неруюенко — редкий случай, когда основа читается почти как загадка. На первый взгляд она похожа на украинские фамилии на -енко (сын такого-то), но корень «Неруй» не встречается ни в крестильных именах, ни в распространённых прозвищах. Разберёмся по частям.

Суффикс -енко (в старом написании — Неруенко, без «й») типичен для центральной и левобережной Украины. Он означает «маленький» или «потомок»: Неруенко — сын или ученик Неруя. Но что такое «Неруй»? Скорее всего, это не имя, а прозвище, образованное от глагола «руйнувати» (разрушать) с отрицательной частицей «не». То есть «Неруй» — человек, который не разрушает, не ломает. В говорах слово «руй» могло означать и «шум», «грохот» (сравните с польским «ruj» — буйство). Тогда Неруй — спокойный, тихий, не склонный к ссорам.

Возможна и более прозаическая версия: фамилия могла возникнуть как искажённое «Нерубаєнко» (от «рубати» — рубить) или «Неруденко» (от «руда» — грязь, болото). В украинских метрических книгах XIX века встречаются формы с «й» в середине — Неруйко, Неруєнко. Это результат народной этимологии: необычное прозвище подгоняли под более понятный звуковой ряд.

Географически фамилия привязана к Черкасской и Полтавской областям, где -енко — основной фамильный формант. Носители, скорее всего, происходили из казацких или крестьянских родов, где прозвища давали по характеру или поведению. Дворянских корней у Неруюенко нет — в родословные книги эта фамилия не попала.

В современном написании с «й» (Неруюенко) — результат адаптации к русской орфографии: украинское «Неруєнко» стали записывать через «ю», хотя по правилам украинского языка там «є». Такая вариативность типична для фамилий, которые фиксировали на слух, без строгой нормы.