Фамилия Нестеркин восходит к каноническому мужскому древнегреческому имени Нестор, в переводе означающее «возвратившийся домой». В основу фамилии легла просторечная форма этого имени — Нестерка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нестерка, со временем получил фамилию Нестеркин. Фамилия Нестёркин образована от имени Нестёрка, которое является производной формой крестильного мужского имени Нестор. Оно, в свою очередь, имеет древнегреческое происхождение и в переводе означает «возвратившийся домой». Покровителем имени Нестор считается мученик Нестор Солунский, ученик святого Димитрия Солунского. Укрепленный всемогущей силой Божией, юноша-христианин победил Лия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нестёрка, со временем получил фамилию Нестёркин.