Фамилия Нестерков восходит к каноническому мужскому древнегреческому имени Нестор, в переводе означающее «возвратившийся домой». В основу фамилии легла просторечная форма этого имени — Нестерок. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нестерок, со временем получил фамилию Нестерков.