Имя Нестерь является производной формой имени Нестор, которое относится к каноническим мужским именам и в переводе с древнегреческого языка означает «вернувшийся домой». Одним из покровителей имени Нестор считался мученик Нестор Солунский, ученик святого Димитрия Солунского. Выходцев же из других сословий, как правило, звали уменьшительными, производными именами, в данном случае - именем Нестерь. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нестерь, со временем получил фамилию Нестерев.