Имя Нестерь является производной формой имени Нестор, которое относится к каноническим мужским именам и в переводе с древнегреческого языка означает «вернувшийся домой». Одним из покровителей имени Нестор считался мученик Нестор Солунский, ученик святого Димитрия Солунского. Скорее всего, основатель рода Нестеревых был человеком из простого сословия. Выходцев же из других сословий, как правило, звали уменьшительными, производными именами, в данном случае - именем Нестерь. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нестерь, со временем получил фамилию Нестерев.