Фамилия Нестернко — редкий случай, когда написание почти наверняка искажено. Правильная, исторически сложившаяся форма — Нестеренко, с буквой «е» после «р». Вариант «Нестернко» возникает из-за беглого произношения: в живой речи гласный выпадает, и на письме это закрепляется. Поэтому, скорее всего, перед нами не самостоятельная фамилия, а графическая ошибка, которая со временем могла стать официальной.

Если же отталкиваться от исходной модели, то фамилия образована по типичной украинской схеме: от крестильного имени Нестор (греч. «вернувшийся домой») с помощью патронимического суффикса -енко. В XVII–XVIII веках на Левобережной Украине, в казацкой среде, суффикс -енко был главным способом обозначить потомка: «Нестеренко» буквально значило «сын Нестора» или «маленький Нестор». Позже суффикс потерял уменьшительный оттенок и стал просто родовым знаком.

Географически фамилия Нестеренко (в любом написании) плотно привязана к Полтавщине, Черкащине и Киевщине. В документах Генерального следствия о маетностях Полтавского полка (1729–1730) уже упоминаются казаки с этим прозвищем. Социальный фон — не шляхта, а рядовые казаки и мещане, реже крестьяне. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто давались по отцу помещиком, украинские фамилии на -енко фиксировали самоназвание семьи и передавались устойчиво.

Спорных версий здесь немного. Иногда Нестеренко пытаются связать с диалектным «нестер» — так в некоторых говорах называли нелюдимого человека. Но это натяжка: основа «Нестер-» в подавляющем большинстве случаев восходит именно к имени Нестор, а не к нарицательному слову. Имя было распространено благодаря святому Нестору Летописцу, поэтому фамилия не редкость, а вот форма «Нестернко» — как раз аномалия, которая делает её уникальной в документах.