Фамилия Нестратова — женская форма фамилии Нестратов, и её объяснение напрямую связано с разбором мужского варианта. В основе фамилии лежит имя или прозвище Нестрат. Скорее всего, это производное от канонического имени Евстратий, которое в народной речи упрощалось до Нестрат. Полное имя Евстратий (греч. «добрый воин») в быту часто сокращали: отбрасывали начальное «Ев-», и получался Нестрат. Такая модель — обычное дело для русской ономастики: вспомните Евдокия → Докия, Евстафий → Стахей.

Менее вероятна, но возможна версия, что прозвище Нестрат дали человеку, который «не стратил», то есть не тратил попусту, был бережливым. Однако это объяснение натянутое: глагол «стратить» (тратить) в старину был малоупотребителен в такой конструкции. Притяжательный суффикс -ов указывает на принадлежность: Нестратов буквально означало «сын Нестрата» или «человек из дома Нестрата».

Фамилия Нестратов встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в бывших губерниях, где было много крестьянского населения. В архивах упоминаются крестьяне Нестратовы из Тульской и Рязанской губерний. Интересно, что фамилия не стала массовой: она осталась относительно редкой, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от одного родоначальника в конкретной деревне. В отличие от фамилий на -ский, которые часто носили дворяне или духовенство, Нестратов — типичная «крестьянская» фамилия, образованная от обиходного имени без книжных влияний.