Фамилия Нестюркин — редкий случай, когда в основе лежит не каноническое имя, а его народная, обиходная форма. В церковных святцах есть имя Нестор (греч. «вернувшийся домой»), но в русской бытовой среде оно часто звучало как Нестёр или Нестюра. Уменьшительно-ласкательный вариант Нестюрка (через суффикс -юр-, характерный для южнорусских и украинских говоров) и дал начало фамилии. То есть Нестюркин буквально значит «сын Нестюрки» или «потомок Нестюры».

Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному человеку: чей? — Нестюркин. Такая модель типична для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В этом отличие от фамилий на -ов (Несторов, Нестеров) — те строятся от полной формы имени. Появление именно Нестюркина, а не, скажем, Нестерова, говорит о том, что предок носителя фамилии в повседневном общении пользовался не официальным именем, а его просторечным вариантом. Это мог быть человек из крестьянской или мещанской среды, где такие переделки имён были нормой.

Географически фамилия тяготеет к югу России и, возможно, к украинским территориям, где форма Нестюр встречается чаще. В дореволюционных переписях её фиксировали в Курской, Воронежской, Харьковской губерниях. Встречаются и варианты написания: Нестюркин, Нестуркин, Нестёркин — они отражают местное произношение («ё» или «ю» после шипящих).

Интересно, что в основе лежит имя Нестор, которое в народе иногда сближали со словом «нестёртый» (неизношенный) или «нестерпимый», но это поздние народные переосмысления. Настоящая этимология — чисто именная, без связи с бытовыми предметами или занятиями. Поэтому предок Нестюркиных — это просто человек по имени Нестор, которого в кругу семьи и соседей звали ласково Нестюркой.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Несторов, Нестеров, Нестёркин, Нестюков — показывает, что Нестюркин стоит особняком благодаря суффиксу -юр-, который делает её более «домашней» по звучанию. Такая фамилия редко встречается в дворянских родословных, зато типична для крестьянского и казачьего населения, где ласкательные формы имён закреплялись в качестве родовых прозвищ.