Фамилия Незамутинов — редкий случай, когда фамилия образована не от имени, профессии или внешности, а от устойчивого выражения с отрицанием. Она явно восходит к прозвищу Незамутин, которое, в свою очередь, связано с глаголом «замутить» в значении «взбаламутить, внести смуту, раздор». Человек, которого прозвали Незамутиным, вероятно, обладал спокойным, мирным нравом — тот, кто не мутит воду, не затевает ссор.

Словообразовательная модель здесь нестандартная: приставка не- плюс основа от глагола. Такие фамилии (Несмеянов, Незванов, Неупокоев) обычно возникали в крестьянской среде как охранительные имена-обереги или как прозвища по характеру. В случае с Незамутиновым прозвище могли дать человеку, который в конфликтах выступал миротворцем, или, наоборот, иронично — тому, кто постоянно «мутит», но отрицание в прозвище закрепилось как постоянный признак.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Незамутина». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на согласный. Форма на -ов здесь была бы маловероятна, так как основа оканчивается на твёрдый согласный, но -ин вытеснил -ов, что встречается в южнорусских и среднерусских говорах.

География фамилии узкая. По данным современных телефонных справочников и архивных записей, основные носители сосредоточены в Поволжье — в Самарской и Ульяновской областях. Это позволяет предположить, что фамилия закрепилась в среде государственных крестьян или однодворцев, где такие прозвища были особенно распространены.

Версия о происхождении от тюркского слова «замут» (грязь, муть) или от арабского «замат» (достоинство) кажется натянутой: отрицание не- в таких заимствованиях нехарактерно для русской ономастики. Надёжнее держаться славянской основы.

Фамилия Незамутинов не получила широкой известности — её не носили дворяне, купцы или знаменитые деятели. Она осталась фамилией крестьянского корня, где прозвище точно описывало человека: «не мути воду, не заводи смуту». В этом смысле она — редкий пример того, как русская фамилия может быть краткой характеристикой характера, застывшей в паспорте.