Фамилия Незнаенко — яркий пример того, как в основе фамилии может лежать не имя, ремесло или место, а прозвище, данное по черте характера или поведению. Корень здесь — глагол «знать» с отрицательной частицей «не». Прозвище Незнай, от которого и пошла фамилия, в старину давали человеку не столько невежественному, сколько простоватому, наивному или тому, кто постоянно отмалчивался, делая вид, что не знает, о чем его спрашивают. В крестьянской среде это могло быть ироничное прозвище для того, кто «не знает» своей работы или уклоняется от ответа.

Суффикс -енко — один из самых распространенных в украинской ономастике. Он означает «маленький», «сын» или «потомок». Таким образом, Незнаенко — это буквально «сын Незнаи» или «маленький Незнай». В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые часто закреплялись за целым родом, фамилии на -енко в XVII–XVIII веках в слобожанских и малороссийских землях нередко появлялись как уточнение, различая однофамильцев внутри одной общины. Это указывает на то, что предки носителей фамилии жили на территории современной Украины или в южных областях России, входивших в состав Слободской Украины.

Интересно, что фамилия Незнаенко избежала распространенной путаницы с литературным персонажем Незнайкой. Прозвище Незнайка (уменьшительно-ласкательная форма) и фамилия Незнаенко имеют общего предка, но разошлись в словообразовании. Встречается и более редкий вариант написания — Незнаенко с двойным «н» (Незнаенко), что может быть следствием канцелярской ошибки при записи или попыткой подчеркнуть принадлежность к конкретному роду.

С социальной точки зрения, фамилия Незнаенко не указывает на дворянское происхождение. Ее носители, скорее всего, были выходцами из казачества, крестьян или мещан. В ревизских сказках XIX века такие фамилии часто встречаются в Полтавской, Харьковской и Екатеринославской губерниях. Исследователь украинских фамилий Ю.К. Редько относил подобные образования к группе «прозвищных фамилий», которые отражали не профессию, а бытовую оценку человека. Сегодня Незнаенко — редкая фамилия, что делает ее носителей обладателями необычного и запоминающегося родового имени, прямо указывающего на характер их предка.