Фамилия Никеенкова — женская форма, а её мужской вариант — Никеенков. В основе фамилии лежит редкая форма крестильного имени Никита. В русском языке имя Никита давало несколько производных: Никитка, Никиша, Никеша, Никша. От уменьшительного «Никея» или «Никей» и возникла основа, к которой добавили патронимический суффикс -енков.

Суффикс -енков характерен для южнорусских и украинских земель, где фамилии на -енко (Никеенко) при переходе в великорусскую среду обрастали окончанием -ов. То есть Никеенков — это обрусевшая форма от украинской фамилии Никеенко. Такой переход типичен для XVII–XVIII веков, когда выходцы с Украины и юга России переселялись в центральные губернии, и их фамилии адаптировались под местные словообразовательные нормы.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был сыном человека по прозвищу Никея или Никей — так в быту называли Никиту. Имя Никита (греч. «победитель») было популярно среди всех сословий, но фамилии на -енков чаще встречались у крестьян и однодворцев. В документах XVII века можно найти упоминания «Никея» как самостоятельного имени, но чаще это была обиходная форма.

Спорный момент: некоторые исследователи выводят фамилию от географического названия — например, села Никеевка (такие есть в Курской и Липецкой областях). Тогда Никеенков — это «выходец из Никеевки». Версия правдоподобна, но менее вероятна, потому что прозвищные фамилии по имени отца встречаются чаще, чем топонимические.

Сегодня фамилия Никеенкова встречается нечасто, в основном в Смоленской, Брянской и Калужской областях — то есть на стыке великорусских и белорусских говоров, где суффикс -енков был особенно распространён.