Фамилия Никеркин — редкий случай, когда основа не лежит на поверхности и не поддаётся простой расшифровке. На первый взгляд она похожа на отчество от имени Никерка, но такого имени в русских святцах нет. Значит, корень нужно искать в прозвище или в иноязычном заимствовании.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Никерка. Оно могло возникнуть от глагола «никать» — опускаться, клониться вниз, или от «никнуть» — увядать, терять бодрость. Так могли прозвать человека сутулого, постоянно ходящего с опущенной головой, либо, в переносном смысле, — унылого, тихого. Суффикс -к- в прозвище (Никерка) — характерный для русской народной речи уменьшительно-пренебрежительный или просто обиходный, как в «Ванька», «Серёжка». От него по стандартной модели образовалась фамилия: Никерка → Никеркин («чей?» — сын Никерки).

Есть и другая, менее вероятная версия. Фамилия могла возникнуть от тюркского имени или прозвища, например, от слова «никяр» (в некоторых тюркских языках — «нежный», «изящный»), которое в русском быту переделали в Никерку. Но для этой гипотезы нет серьёзных доказательств, и она уступает первой по простоте и логике.

Суффикс -ин указывает на то, что фамилия образована от основы на -а/-я, что типично для северных и центральных областей России. Никеркины могли быть крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по отцу, которого в деревне знали под прозвищем Никерка. В дореволюционных списках эта фамилия почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании и малочисленности рода.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет, что делает Никеркина ещё более уникальным. Если встретите носителя этой фамилии, знайте: его предок, скорее всего, был человеком невысоким и скромным, за что и получил своё прозвище.