Фамилия Нихороших звучит как готовая характеристика — «нехорошие», «плохие». Но в русских фамилиях на -их/-ых за таким значением почти всегда стоит географическое или соседское прозвище, а не прямая оценка человека. Это так называемая «застывшая форма родительного падежа множественного числа», типичная для северных и сибирских говоров: откуда родом — из Нихороших, то есть из семьи или деревни Нихороших.

Вероятнее всего, основа фамилии — прозвище Нихороший, которое давали не как проклятие, а по контрасту или с долей иронии. В русских деревнях нередко называли ребёнка «плохим» или «нехорошим» в охранительных целях: считалось, что злые силы не позарятся на того, кто и так никуда не годится. Это обережная практика, знакомая по фамилиям Негодяев, Дураков, Плохих. Так что «Нихороших» могло значить ровно обратное — что предок был дорог своим родителям, и они хотели уберечь его от сглаза.

Суффикс -их/-ых указывает на то, что фамилия сформировалась в среде крестьянства, чаще всего на Русском Севере или в Сибири, где такие формы были нормой. В центральных и южных губерниях преобладали фамилии на -ов/-ев и -ин, а здесь — коллективная принадлежность: «чьи будете?» — «Нихороших». Это характерно для Вологодской, Архангельской, Пермской губерний, а также для старообрядческих поселений.

Вариант написания слитно — Нихороших — закрепился в документах, хотя в устной речи могло звучать и раздельно («Не хороших»). Встречаются и однокоренные фамилии с той же основой: Нехорошев, Нехороший, Плохих. Но Нихороших стоит особняком из-за редкого сочетания отрицательной частицы «ни» (вместо «не») и окончания -их. Это как раз тот случай, когда фамилия не описывает характер человека, а хранит память о старом прозвище, обереге или названии деревни, которой уже нет на карте.