Фамилия Нихорошкин — один из тех редких случаев, когда прозвище или имя оказалось «зашито» прямо в основу, причём с частицей отрицания. В русских фамилиях встречаются формы с «не-» (Негодяев, Нелюбов, Некрасов), но вариант с «ни-» — более редкий и диалектный. В данном случае основа — «нихорош(ий)», то есть нехороший, плохой, дурной. Частица «ни» здесь усиливает отрицание, хотя в живой речи XVIII–XIX веков формы «нихороший» и «нехороший» могли употребляться как равнозначные.

Вероятнее всего, Нихорошкин — это фамилия, образованная от прозвища Нихорошко. Такие имена-обереги давали детям в крестьянской среде: считалось, что если назвать ребёнка «плохим» именем, злые духи не позарятся на него и не навредят. Параллели — Некрас (некрасивый), Нелюб, Неудача. Со временем прозвище превратилось в фамилию с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин: Нихорошко → Нихорошкин, то есть «сын Нихорошка». Суффикс -ин указывает на основу на -а/-о, что характерно для имён и прозвищ, оканчивающихся на -ко, -ка.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. Встречается в Вологодской, Кировской, Костромской областях, а также на Урале — там, где были сильны старообрядческие традиции и дольше держались архаичные модели имянаречения. В писцовых книгах XVII века можно найти похожие прозвища: Нихорошко, Нихорошей, но фамилия в современном написании фиксируется в основном с XIX века.

Словообразовательная модель здесь простая, но нестандартная: в отличие от массовых фамилий на -ов (Иванов, Петров), суффикс -ин встречается реже и часто указывает на более личное, «домашнее» происхождение. Фамилия Нихорошкин — не про отрицательную характеристику предка, а про народную магию имени. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, которые по старинке старались «обмануть судьбу».