Фамилия Нехорошкина — женская форма фамилии Нехорошкин, и её разбор стоит начать с мужского варианта, так как основа у них общая. Перед нами редкий случай, когда фамилия образована не от имени или профессии, а напрямую от наречия «нехорошо» с помощью суффикса -к-. Модель «наречие + -к(а)» в русских фамилиях встречается нечасто, и это сразу выделяет Нехорошкиных из ряда стандартных «профессиональных» или «патронимических» фамилий.

В основе лежит прозвище Нехорошко. В старину так могли назвать человека угрюмого, нелюдимого или того, кто постоянно попадал в неприятности. Однако не стоит воспринимать это прозвище как однозначно негативное: в русской традиции нередко давали «охранительные» имена, чтобы обмануть злых духов. Считалось, что если назвать ребёнка Нехорошко, он вырастет удачливым и здоровым — зло не позарится на того, кто уже «плох». Такая практика была распространена в крестьянской среде, особенно в северных и центральных губерниях России.

Суффикс -к- в прозвище Нехорошко указывает на уменьшительно-уничижительную форму, характерную для бытовой речи. Затем к основе Нехорошк- добавился типичный русский суффикс принадлежности -ин, который указывает на родство: «чей?» — «Нехорошкин», то есть сын или потомок Нехорошка. Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного, что типично для основной массы русских фамилий XVI–XVII веков.

Географически фамилия Нехорошкин (и её женская форма) встречается рассеянно, без ярко выраженного «гнезда», но чаще всего её фиксируют в документах по Владимирской, Костромской и Нижегородской областям. Это косвенно подтверждает версию об охранительном прозвище: именно в этих регионах традиция «плохих» имён была особенно живуча. Встречаются также варианты написания с одной «ш» (Нехорокин), но основной корпус носителей пишет фамилию через «шк», что точнее передаёт исходное прозвище.

Таким образом, Нехорошкина — фамилия, которая с большой вероятностью ведёт начало от охранительного прозвища, данного предку в XVI–XVII веках. Её редкость и нестандартная словообразовательная модель делают её интересным объектом для этимологического анализа, но в бытовом плане она не несёт никакого негативного оттенка — скорее, напоминает о древней крестьянской хитрости.