Фамилия Нехорошкин образована от личного прозвища Нехорошка и относится к распространенному типу русских фамилий, построенных по модели «прозвище + суффикс -ин». Этот суффикс указывал на принадлежность: Нехорошкин буквально значит «сын Нехорошки», «тот, кто из рода Нехорошки». Такая модель была типична для северных и центральных русских земель, где притяжательные прилагательные на -ин чаще использовали для имен и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я.

Основа прозвища — прилагательное «хороший» с отрицательной приставкой «не». В древнерусском языке «хороший» значило «красивый, статный, обладающий приятной внешностью», а также «добропорядочный, доставляющий радость, отзывчивый». На первый взгляд, назвать ребенка Нехорошкой — значит накликать беду или дать обидное имя. Но здесь работает обратная логика, хорошо известная этнографам: имя-оберег. Родители, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, нарекали его Нехорошкой, чтобы обмануть злых духов, которые, по поверьям, не позарятся на того, кого зовут «нехорошим». Считалось, что такая охранительная практика убережет ребенка от сглаза и болезней, и он вырастет как раз хорошим — статным и добрым.

Прозвище Нехорошка могло закрепиться и за взрослым человеком — как ироничное или умилительное именование. В крестьянской среде имена с отрицанием («Некрас», «Неждан», «Немил») были не редкостью, и со временем они становились фамилиями. Так, рядом с Нехорошкиными стоят однокоренные фамилии Нехорошев, Нехороших, а также более редкие варианты с другим суффиксальным оформлением. Все они восходят к одному корню, но именно форма на -ин у Нехорошкиных указывает на конкретное прозвище с конечным -а.

О точном месте и времени возникновения фамилии Нехорошкин сейчас говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XV по XVII век, и проходил в разных регионах неравномерно. Фамилия встречается в документах по разным губерниям, но устойчивой «столичной» привязки не имеет — это типичная фамилия, рожденная в народной среде, а не в дворянских кругах. В переписях и метрических книгах Нехорошкины фиксировались среди крестьян, мещан и казачества, что подтверждает простонародное происхождение прозвища.

Тем не менее, фамилия Нехорошкин — замечательный памятник славянской письменности и культуры. Она сохранила архаичную словообразовательную модель и напоминание о древнем обычае охранительных имен, которые сегодня кажутся странными, но когда-то были частью повседневной жизни наших предков.