Фамилия Никитянин — один из тех редких случаев, когда в основе лежит имя, а в суффиксе — указание на происхождение с чёткой географической привязкой. Это патроним (отчество), но не в привычной форме на -ов или -ин, а с суффиксом -янин, который в русском языке обычно обозначал жителя определённой местности или выходца откуда-то (например, «римлянин», «египтянин»). В фамилиях этот суффикс встречается нечасто и почти всегда говорит о том, что предок был переселенцем из другого края или села, которое носило имя основателя.

Корень фамилии — каноническое мужское имя Никита. В просторечии его часто произносили как «Никитя», отсюда и форма «Никитянин» — буквально «сын Никиты» или «человек из рода Никиты», но с дополнительным оттенком: «выходец из Никитиного поселения». Такая модель образования (имя + -янин) типична для северо-западных русских земель, особенно для Новгородчины и Псковщины, где в XV–XVII веках фиксировались фамилии вроде «Кузьмянин» или «Фомянин». Никитянин, скорее всего, возник именно там.

С точки зрения сословной истории, носители этой фамилии вряд ли принадлежали к высшей аристократии. Суффикс -янин в фамилиях чаще встречался у крестьян и посадских людей, которые переселялись из одного поместья в другое — прозвище по месту выхода закреплялось за ними и передавалось детям. Поэтому предки Никитяниных могли быть крестьянами или ремесленниками, переехавшими из деревни, основанной неким Никитой.

В современном русском языке фамилия остаётся очень редкой. По данным переписей, она сосредоточена в основном в центральных и северных регионах России, что подтверждает её возможное новгородское происхождение. Споров о значении корня нет: Никита — древнегреческое имя со значением «победитель», так что этимологически фамилия означает «потомок победителя», хотя в бытовом контексте XV века это звучало как «наш, Никитинский».