Фамилия Ниверский — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её главная загадка в том, что корень «нивер-» не имеет прямых и прозрачных соответствий в русском языке. Это сразу отсекает самые распространённые модели, когда фамилию выводят из названия профессии, внешности или черты характера.

Словообразовательный суффикс -ский указывает на то, что фамилия, скорее всего, относится к типу дворянских или шляхетских прозвищ, образованных от географического названия. Владелец такой фамилии — «тот, кто родом из места Ниверы» или «Ниверска». Однако на современных картах России и соседних стран пункта с таким названием нет. Возможно, речь идёт об утраченном топониме — хуторе, деревне или усадьбе, не сохранившейся до наших дней.

Есть и другая, менее очевидная версия. Корень «нивер-» может быть искажённым вариантом от «нивьер» или «невьер» — так в некоторых западных говорах называли болотистую, низменную местность. Если это так, то фамилия могла закрепиться за переселенцем из такой местности. В пользу этой гипотезы говорит то, что суффикс -ский в крестьянской среде встречался реже, чем -ов или -ин, и часто выдавал человека, вышедшего из духовного сословия или получившего фамилию в семинарии. Семинаристам нередко давали фамилии по месту рождения или по приходу, искусственно переделывая названия на польский манер.

Стоит также учесть, что в польском языке есть слово «niewierny» — неверный, иноверец. Теоретически фамилия Ниверский могла быть русифицированной формой польской фамилии Невьерский или Ниверский, означавшей «человек другой веры». Однако эта версия слабее, так как для неё нет надёжных документальных подтверждений, а механизм перехода от прилагательного к фамилии через -ский в данном случае менее типичен.

Таким образом, наиболее вероятно, что Ниверский — искусственная или полуискусственная фамилия, образованная от географического названия в XIX веке (семинарская среда) или являющаяся русификацией западнославянской фамилии. Точную локацию исходного топонима установить сегодня сложно.