Фамилия Нивертий — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с латинским оригиналом. В основе лежит латинское прилагательное niger (чёрный, тёмный) в сравнительной степени — nigrior (более чёрный). От него образовалась форма Nigertius — так в средневековых документах могли называть человека со смуглой кожей, черноволосого или того, кто постоянно носил тёмную одежду. Русская передача через «и» (Нивертий вместо Нигертий) — обычная для XVIII–XIX веков практика, когда латинское «g» перед «e» читали как мягкое «г'», а на письме заменяли на «в» по аналогии с другими заимствованиями.

Суффикс -ий в русском окончании указывает на притяжательную или охарактеризовывающую модель. Фамилия Нивертий — это не отчество и не прозвище по отцу, а прямая калька с латинского прозвища, которое дали конкретному человеку. Такие фамилии обычно возникали в среде духовенства или преподавателей семинарий, где латынь была рабочим языком. Священник или учитель, получивший прозвище Nigertius за внешность или манеру одеваться, мог передать его детям уже как фамилию.

Географически фамилия привязана к западным губерниям Российской империи — территориям современной Беларуси, Украины и западной России. Встречается она крайне редко, в основном в единичных записях метрических книг XIX века. Родственных фамилий с тем же корнем в русском языке практически нет: в отличие от «Чернов» или «Черняев», Нивертий не переводили на русский, а оставили в латинском обличье.

Версия о связи с литовским или балтским корнем (сравните лит. nygti — гаснуть, темнеть) маловероятна: словообразовательная модель с суффиксом -ертий нехарактерна для балтских языков, а латинское происхождение объясняет и форму, и социальный контекст появления. Фамилия Нивертий — живое свидетельство того, как книжная латынь проникала в бытовую ономастику, создавая фамилии, которые звучат как имена древнеримских граждан.