Фамилия Низамудинова — женская форма мужской фамилии Низамудинов, и её происхождение напрямую связано с арабским миром и исламской традицией. В основе лежит сложное имя Низамуддин (Низам ад-Дин), которое переводится как «порядок веры» или «устроитель религии» (от араб. низам — «порядок, строй» и дин — «вера, религия»). Такое имя давали мальчикам в семьях, где хотели подчеркнуть благочестие и надежду на то, что сын станет хранителем или знатоком вероучения.

Словообразовательная модель здесь классическая для тюркских и кавказских фамилий, вошедших в русский обиход. Суффикс -ов (в женском варианте -ова) присоединился к основе Низамудин, превратив личное имя в фамилию по отцу. То есть Низамудиновы — это буквально «дети Низамуддина». В русской традиции фамилии на -ов/-ев указывали на принадлежность к роду, и в данном случае арабское имя прошло через тюркское посредничество: носители таких фамилий чаще всего — татары, башкиры, народы Дагестана или представители других мусульманских общин Поволжья и Кавказа.

Географически фамилия Низамудинова встречается в основном в регионах с компактным проживанием татар и башкир — в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она и в Дагестане, где имя Низамуддин популярно у лезгин и аварцев. При этом в разных местностях ударение может смещаться: одни произносят Низамудúнова, другие — Низамýдинова, что отражает разницу в диалектном произношении исходного имени.

С точки зрения социального контекста, фамилия Низамудинов (и её женская форма) не указывает на дворянское происхождение или принадлежность к духовенству — она просто фиксирует имя отца. Однако в среде мусульманских народов имя Низамуддин нередко давали в честь известных богословов или суфийских шейхов, поэтому носитель фамилии мог происходить из семьи, где уважали религиозное знание. В советское время фамилия сохранилась без изменений, так как её арабская основа не подвергалась русификации — в отличие, скажем, от фамилий, которые переделывали на русский лад.

Однокоренные фамилии — Низамов, Низамутдинов, Низамиев — все они восходят к тому же корню низам, но с разными добавками. Низамудинова отличается тем, что сохраняет полную арабскую конструкцию «порядок веры», тогда как Низамутдинов добавляет частицу ут (от араб. ут — «и»), что даёт значение «порядок и вера» — но это уже другая, хоть и похожая, фамилия.