Фамилия Нижеборская или Нижеборский — редкий случай, когда географическая основа и суффикс -ский не указывают на дворянское происхождение, а, скорее всего, описывают конкретное место жительства. Вопреки распространённому шаблону, -ский здесь не обязательно означает «владелец поместья»; в польской и западнорусской традиции этот суффикс мог присваиваться крестьянам и мещанам по названию деревни или урочища, откуда они вышли.

Основа фамилии — «нижебор» или «Нижний Бор». Слово «бор» в славянской топонимике означает сосновый лес на возвышенном или песчаном месте, а «ниже» указывает на расположение в низине, у подножия такого бора, либо ниже по течению реки относительно бора. Таким образом, Нижеборский — это человек, живший «под бором» или «у нижнего бора». В польском языке аналогичная модель дала фамилию Niżeborski (от Niżny Bór), что подтверждает западнославянский след.

Искать корни фамилии стоит на территории современной Беларуси, восточной Польши или западной Украины — в зоне, где топонимы с «бор» и «нижний» встречаются часто. В России фамилия редкая и, вероятно, принесена переселенцами из Речи Посполитой после разделов XVIII века. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или однодворцами, получившими фамилию по месту жительства при переписях.

Словообразовательный нюанс: ударение в фамилии, по аналогии с польским произношением, может падать на второй слог — Нижебо́рский, хотя в русской среде его часто смещают на третий. В старых документах возможно встретить вариант Нижеборской (через окончание -ой), что характерно для южнорусских говоров.