Фамилия Нижеборцев, скорее всего, образована от прозвища, которое давали человеку по месту жительства — выходцу из села Нижний Бор. Такой топоним встречается в России, в частности, известен населённый пункт в Тверской области. Название Нижний Бор отражает географическое положение: поселение находилось в низине, ниже по отношению к окружающей местности, возможно, у подножия возвышенности или в пойме реки, где сосновый бор рос на нижней террасе.

Модель образования фамилии проста и прозрачна: основа Нижебор- (от «Нижний Бор») плюс типичный для русских фамилий суффикс -ец, обозначающий принадлежность к местности, и окончание -ев. Такой словообразовательный тип характерен для фамилий, указывающих на географическое происхождение: подобно тому, как из названия города или села делали прозвище жителя, а затем и фамилию. Суффикс -ец в данном случае работает как указатель на «того, кто из Нижнего Бора».

Интересно, что фамилия не слишком распространена, что типично для ономастиконов, привязанных к конкретной, небольшой местности. В документах встречаются носители фамилии, которые, однако, жили далеко от Тверской области. Например, Герасим Семенович Нижеборцев родился в 1900 году в Ставропольском крае, а Сергей Семенович Нижеборцев — в 1891 году в Калюжном Ставропольского района Ставропольской области. Это говорит о том, что носители фамилии мигрировали, и топонимическое прозвище закрепилось за их потомками уже на новых землях.

Стоит рассмотреть и альтернативную версию, связывающую основу с нарицательным сочетанием «нижний бор» — то есть низкорослый лес или бор, растущий в низине. В этом случае прозвище Нижеборец могло закрепиться за человеком, жившим у такого леса или владевшим им. Однако версия с топонимом выглядит убедительнее: она объясняет и форму фамилии, и её относительную редкость, и то, что прозвище возникло не от случайного признака, а от конкретного названия места.