Фамилия Новиковский в основе своей имеет прозвище Новик. В старину так называли всякого новичка, пришельца или новожила — человека, который недавно поселился на новом месте, приехал издалека или только начал какое-то дело. Прозвище было распространённым, потому что жизнь в те времена часто заставляла людей срываться с насиженных мест и искать лучшей доли на стороне. Появление такого прозвища у предка почти наверняка говорит о том, что его самого или его ближайших родственников в округе помнили именно как чужаков, пришлых.

Суффикс -ский в фамилии Новиковский указывает на модель образования, типичную для польской и украинской традиции, а также для русских фамилий, возникших под их влиянием. Чаще всего такие фамилии либо закреплялись за дворянскими родами, либо образовывались от названий местности. Здесь возможна вторая версия происхождения: фамилия могла восходить к топониму Новиково — так называется деревня в Тамбовской области. В этом случае предок Новиковских родился или долгое время жил в этом населённом пункте, а фамилия досталась ему по месту жительства.

Обе версии не противоречат друг другу. Прозвище Новик и название деревни Новиково имеют общий корень, и в каждом конкретном случае установить истину можно только по документам. Если родословная ведёт к тамбовским землям, версия с топонимом выглядит убедительнее: в крестьянской среде фамилии на -ский встречались реже, но при переселении в другой уезд так могли записать человека, чтобы отличить его от однофамильцев-новиков. Если же предки жили в западных губерниях, вероятнее прозвищное происхождение.

Встречаются и однокоренные фамилии — Новиков, Новиковцев, Новицкий, — но Новиковский стоит особняком. Двойной суффикс -ов-ск- словно соединяет два пласта: отчество от Новика и топонимический оттенок. Такая форма наводит на мысль, что носитель фамилии был не просто сыном Новика, а выходцем из места, которое носило это имя.