Фамилия Нновиков — редкий случай, когда написание искажает привычную картину. Скорее всего, перед нами не отдельная фамилия, а графическая опечатка или результат поздней записи фамилии Новиков с двойной буквой «н» по аналогии с другими фамилиями (Смирнов — Смиррнов, Иванов — Иваанов). В русском языке двойное «н» в суффиксе фамилии на -ов встречается крайне редко и обычно возникает при слиянии корня, оканчивающегося на «н», с суффиксом (например, фамилия Шинников — от слова «шинник»). Но основа «нов» не даёт повода для двойной «н»: исходное слово «новый» пишется с одной «н». Поэтому настоящий разбор фамилии Нновиков — это разбор фамилии Новиков.

Фамилия Новиков образована по самой распространённой в России модели: от прозвища или имени на -а/-я через суффикс -ов. Основа — «нов» от прилагательного «новый». В древнерусском языке и в диалектах «новик» — это молодой человек, новобранец, недавно поступивший на службу, или вообще новичок в любом деле. Прозвище Новик давали либо новому работнику в крестьянской общине, либо молодому солдату, либо человеку, который недавно переселился в эти места. Фамилия фиксируется повсеместно с XVI века, но особенно плотно — в центральных и северных губерниях России.

В ономастике есть и вторая, менее популярная версия: Новиков мог быть образован от нецерковного имени Новик, которое давали младенцу как пожелание «новой жизни» или в знак того, что ребёнок родился после долгого перерыва в семье. Однако большинство исследователей (в том числе Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») склоняются к прозвищному происхождению: Новик — человек, который стал новым в коллективе.

Таким образом, предки Нновиковых (Новиковых) в массе своей были либо крестьянами-переселенцами, либо служилыми людьми низшего ранга — стрельцами, казаками, рекрутами. Фамилия не дворянская и не купеческая по происхождению, хотя со временем, конечно, её носители могли достичь любого сословия. Двойное «н» в начале — ошибка письма, не меняющая этимологии.