Фамилия Обеднин — редкий случай, когда исходное слово сохранилось почти без изменений, но его значение для современного носителя затемнено. Корень здесь — «обедня», то есть церковная служба, литургия в первой половине дня (отсюда и название: служили до обеда). В старом русском языке «обедня» была обиходным словом, и прозвище Обедня могли дать человеку по разным причинам.

Самая прямая версия: прозвище Обедня получил пономарь или дьячок, который служил в церкви, либо прихожанин, отличавшийся усердием и не пропускавший служб. Менее очевидный, но тоже возможный вариант — прозвище закрепилось за тем, кто родился или был крещён во время обедни. В русской ономастике фамилии на -ин традиционно образуются от основ на -а/-я, поэтому Обеднин — это буквально «сын Обедни» или «человек из рода Обедни».

Суффикс -ин здесь типичен для северных и центральных областей России, но сама фамилия встречается крайне редко. В отличие от массовых «ремесленных» фамилий вроде Кузнецов или Плотников, Обеднин указывает на связь с церковной средой, а не с мирским занятием. Интересно, что у фамилии есть «двойник» — Обеднев, образованный по другой модели (от той же основы, но с суффиксом -ев, что характерно для основ на согласный). Обеднин и Обеднев — не варианты одной фамилии, а параллельные образования, которые могли возникнуть независимо в разных семьях.

В дореволюционных переписях носители фамилии Обеднин почти не фиксируются, что говорит о её локальном бытовании — возможно, в пределах одного уезда или даже одного села. Скорее всего, это фамилия потомков церковнослужителя, которая не получила широкого распространения из-за малочисленности самого рода.