Фамилия Онегин почти наверняка отсылает к северным русским землям, а именно к реке Онега, впадающей в Белое море. Прозвище Онега давали человеку, который пришёл откуда-то с этих мест или жил на её берегах. Такой способ именования — по названию реки или местности, откуда человек был родом, — один из древнейших в славянской традиции. Он отвечал на вопрос «ты чей будешь?» и «откуда родом?», поэтому закреплялся за человеком и его потомками.

Интересно, что в переписях Архангельской губернии фамилия действительно встречается в тех краях, где протекает Онега. В Холмогорском уезде числилось 117 Онегиных, а в самом Онежском уезде — всего 9. Такое распределение показательно: большинство носителей фамилии жили не прямо в устье реки, а выше по её течению, в Холмогорском уезде. Это косвенно подтверждает, что фамилия возникла именно там, а не была принесена откуда-то издалека.

Род занятий большинства этих Онегиных — лесорубы и работники на сплаве леса. Это логично для Поморья и бассейна Онеги, где лес сплавляли по реке к Белому морю. Прозвище Онега, таким образом, могло закрепиться за человеком, который перебрался на новое место, или, наоборот, за тем, кто всю жизнь работал на реке и был с ней неразрывно связан.

Форма фамилии — Онегин — образована по самой распространённой модели с суффиксом -ин. В русской традиции этот суффикс присоединялся к основам на -а/-я, отсюда и Онега → Онегин. Потомок человека по прозвищу Онега, сын Онеги, со временем и получил фамилию Онегин. Модель типичная, но основа здесь необычная: в отличие от множества фамилий от личных имён или профессий, эта напрямую связана с топонимом.

Точное время возникновения фамилии назвать сложно: процесс формирования фамилий у крестьянства, особенно на Русском Севере, растянулся на столетия. Но сам факт, что фамилия зафиксирована в Архангельской губернии в тех местах, где протекает река, делает её ценным свидетельством местной истории. Это не выдуманная литературная фамилия, а живое напоминание о том, как люди связывали свою родовую память с рекой, на которой жили и работали.