Фамилия Онисим — редкий случай, когда фамилия совпадает с полной формой личного имени, а не с его производной. В основе лежит каноническое мужское имя Онисим, которое пришло на Русь из греческого языка (Onesimos) и означает «полезный», «исполнительный». В православных святцах это имя известно по апостолу Онисиму, ученику Павла, поэтому оно было распространено в среде духовенства и крестьян, но в разных формах: чаще использовали Онисим или сокращённое Анисим.

Особенность фамилии — её «необработанный» вид. Большинство русских фамилий образуется с помощью суффиксов -ов/-ев, -ин (Онисимов, Анисимов) или -ский. Онисим же застыла как есть, без патронимического суффикса. Такое встречается в двух случаях: либо фамилия очень поздняя, когда имя просто записали в документы без переделки (часто у однодворцев или в среде старообрядцев), либо это фамилия из западных регионов России, где польское или украинское влияние допускало «голые» имена в качестве фамилий. Второй вариант правдоподобнее: на территории современной Беларуси и Смоленщины фамилии типа Онисим, Вакула, Гаврила — обычное дело.

Словообразовательная модель проста, но нестандартна для великорусского ареала. Если бы фамилия возникла в центральной России, мы бы увидели Онисимов или Анисимов. Форма Онисим указывает на то, что предок носил это имя и не получил «прибавки» в виде суффикса — то есть фамилия образована по типу прозвища, но прозвищем было само имя. В ономастических трудах (например, у Б. Унбегауна) такие фамилии относят к «неоформленным», они характерны для юго-западных земель.

Носители фамилии Онисим, скорее всего, происходят из регионов, где смешались русские, белорусские и украинские традиции имянаречения. Сословно это могли быть крестьяне или мещане, реже — священники (так как имя Онисим было популярно в церковной среде). Географически фамилия редкая, встречается точечно: в архивах её можно найти в Смоленской, Витебской губерниях, а также среди переселенцев в Сибири.

Спорных версий у фамилии практически нет: основа очевидна. Иногда её путают с формой Онисимов, но это разные фамилии — вторая указывает на прямого потомка («чей сын?» — Онисимов), а первая просто фиксирует имя как родовое прозвище. Если ваш предок — Онисим, то, скорее всего, он был человеком, которого в округе знали просто по имени, без отчества или прозвища, что говорит о его невысоком социальном статусе или о том, что фамилия закрепилась в эпоху массовой паспортизации XIX века «с голоса».