Фамилия Онушкина — женская форма фамилии Онушкин, и её происхождение напрямую связано с мужским именем или прозвищем Онушка. Это уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Онуфрий (в просторечии — Онуха, Онуша). Имя Онуфрий пришло на Русь из греческого языка и означает «священный бык» или, по другой версии, «благодетельный». В народе это имя быстро обросло множеством производных форм, и Онушка — одна из них, наряду с Онухой, Онушей, Онуфреем.

Суффикс -ин в основе Онушкин указывает на принадлежность: «чей?» — Онушкин, то есть сын или потомок человека по имени Онушка. Такая модель образования фамилий была типична для северных и центральных регионов России, а также для части Поволжья. В XVI–XVII веках крестьяне и посадские люди часто получали фамилии именно по имени отца, и Онушкины не были исключением. Скорее всего, предок носительницы этой фамилии был простым человеком, которого в быту звали Онушка, а в официальных документах записывали как Онуфриев или Онушин.

Интересно, что фамилия Онушкин встречается реже, чем однокоренные Онуфриев или Онучин. Это говорит о том, что основа Онушка была менее распространённой, локальной формой. В некоторых говорах слово «онушка» могло также означать «обувка» или «портянка» (от «онуча»), но для фамилии эта версия маловероятна: прозвище Онушка в значении «обувка» звучало бы уничижительно, и такие прозвища обычно не становились основой для фамилий в крестьянской среде, где уважали родовые имена. Поэтому надёжнее связывать фамилию с именем Онуфрий.

Географически Онушкины чаще всего фиксировались в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях — в тех краях, где имя Онуфрий было популярно, а суффикс -ин преобладал над -ов. Сегодня фамилия редкая, но её носители могут встретиться в разных регионах России, сохраняя память о предке, которого звали Онушка.