Фамилия Паферова — редкая и неочевидная по происхождению. Её основа не связана с распространёнными русскими корнями, что сразу наводит на мысль о заимствовании или искусственном происхождении. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или профессии, но с нетипичным для русской ономастики финалом.

Ключ к разгадке — суффикс -ер. В русских фамилиях он встречается редко, чаще всего в профессиональных прозвищах, пришедших через польское или немецкое влияние. Например, маляр, шорник, столяр. Основа «пафер» могла быть переделана на русский лад из немецкого Pfaffer (поп, священник) или из польского paf (звукоподражательное, означающее нечто вроде «пыхтеть», «дымить»). В первом случае фамилия указывала бы на предка-церковнослужителя, во втором — на человека с заметной привычкой или ремеслом, связанным с дымом, огнём (кузнец, печник).

Откуда взялось окончание -ова? Это типичный русский патронимический суффикс, означающий «принадлежащий», «из рода». То есть Паферова — это женщина из рода Паферовых. Мужской вариант, Паферов, мог быть записан в документах как Паферов или Паферовъ. Фамилия оформилась в среде, где немецкие или польские корни переплавлялись в русскую фамильную модель — скорее всего, на западных или южных окраинах Российской империи, в среде мещан или однодворцев.

Версия о происхождении от имени собственного менее вероятна. Имени Пафер в православных святцах нет, а в католических встречается крайне редко (как вариант от Пафнутий). Поэтому профессиональное или прозвищное объяснение выглядит убедительнее. Если ваши предки носили фамилию Паферовы, стоит поискать их в документах XIX века по Курской, Воронежской или Херсонской губерниям — там чаще всего оседали носители таких «гибридных» фамилий.