Фамилия Пахатова — женская форма фамилии Пахатов, и её происхождение не так однозначно, как может показаться на первый взгляд. Самая очевидная версия отсылает к глаголу «пахать», то есть к труду земледельца. Однако в русском языке слово «пахать» имело и переносное значение — «усердно, много работать», а в некоторых говорах — «подметать» или «мести». Поэтому прозвище Пах, от которого образована фамилия, мог получить не только крестьянин-хлебороб, но и просто трудолюбивый человек или даже дворник.

Модель образования фамилии — типичная для русского севера и ряда центральных областей. Суффикс -ов- (Пахат + ов) указывает на принадлежность: Пахатов буквально означает «сын Пахата» или «из рода Пахата». Основа здесь — не имя, а прозвище, что характерно для фамилий крестьянского и посадского сословия, которые закреплялись в XV–XVII веках.

Есть и менее распространённая гипотеза, связывающая фамилию с тюркским корнем «пахта» — «хлопок». В этом случае предок мог быть торговцем хлопком или ремесленником, работавшим с ним. Такая версия правдоподобна для южных регионов России, где было сильно татарское и башкирское влияние, но для центральной России она менее вероятна. Скорее всего, в основе лежит именно славянское прозвище, связанное с пахотой или трудолюбием.

В отличие от многих фамилий, оканчивающихся на -ов, Пахатов не имеет варианта с «е» в корне (типа «Пехатов»), что подтверждает его связь именно с «а» — «пахать». Фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её земледельческое происхождение: именно эти регионы были зонами активной крестьянской колонизации.