Фамилия Пахомеева образована от мужского имени Пахомий, а точнее — от его просторечной формы Пахомей. Само имя пришло из греческого языка и переводится как «широкоплечий». Это прямое указание на физическую стать предка: видимо, первого носителя имени отличали крепкое сложение и сила. Церковная традиция связывает это имя со святым мучеником Пахомием, который пострадал за веру в 1780 году: за отказ принять магометанство его обезглавили. Этот факт из жития, пусть и поздний, показывает, что имя бытовало в православной среде достаточно широко, чтобы закрепиться в народной памяти.

Словообразовательная модель здесь простая и характерная для русских фамилий: к основе Пахомей добавили типичный суффикс принадлежности -ев, который указывает на «сына» или «потомка» человека с таким именем. То есть Пахомеев буквально означает «сын Пахомея». Форма Пахомеева — это женский вариант той же фамилии, который закрепился за женщинами как производный от мужской линии рода.

Интересно, что в основе лежит не каноническая церковная форма Пахомий, а её обиходный, разговорный вариант. Это говорит о том, что фамилия складывалась в среде, где имя звучало естественно, без книжной огласовки. Подобные переходы — Пахомий в Пахомей — типичны для русской народной традиции, которая упрощала непривычные греческие окончания.

Скорее всего, основатель рода Пахомеевых был человеком не последнего положения. В старину полное имя, а не уменьшительное, чаще носили люди, имевшие вес в общине: зажиточные крестьяне, купцы или служилые люди. Прозвищные имена вроде Пахомка давали бы фамилию Пахомкин, а здесь мы видим именно полную форму, что косвенно указывает на уважение к носителю имени.

Фамилия Пахомеева встречается реже, чем её «брат» Пахомов, и это тоже примечательно. Вариант с суффиксом -еев закрепился в тех регионах, где акающие говоры смягчали конечный согласный основы. Поэтому географически Пахомеевых чаще можно встретить на юге России и в Поволжье, тогда как Пахомовы рассеяны по всей стране.

Таким образом, за фамилией стоит не просто имя, а целый пласт народной культуры: переход греческого Пахомия в русского Пахомея, уважение к физической силе и социальному статусу предка. Потомки человека по имени Пахомей, широкоплечего и, видимо, уважаемого, со временем и получили эту фамилию, которая сохранила память о нём в неизменном виде.