Фамилия Пахоменков образована от крестильного имени Пахом, и в этом смысле её история прозрачна, хотя и таит в себе несколько неожиданных поворотов. Имя Пахом — это народная, упрощённая форма канонического Пахомий. В переводе с греческого оно означает «широкоплечий», что указывает на физическую стать или, скорее, на пожелание силы и здоровья, которое родители вкладывали в имя ребёнка.

Однако в народной среде имя быстро обросло собственными смыслами. В русских говорах слово «пахом» нередко использовали как шутливое прозвище степенного, важного или чудаковатого человека. Поэтому не исключено, что в основе фамилии лежит не столько церковное имя, сколько мирское прозвище, закрепившееся за родоначальником из-за его характера или манеры поведения. Обе версии имеют право на существование, но для фамилий на -ов/-ев, образованных от полных форм имени, чаще работает первая, крестильная.

Отдельного разговора заслуживает суффикс. В фамилии Пахоменков мы видим двойную конструкцию: сначала имя Пахом было расширено суффиксом -енк(о), который в украинской и южнорусской традиции означал «маленький», «сын» или просто нёс оттенок уменьшительности, а затем к этой основе добавили типичный русский патронимический суффикс -ов. Получается цепочка: Пахом → Пахоменко (сын Пахома) → Пахоменков (потомок Пахоменко). Такая модель типична для фамилий, которые формировались на стыке украинской и великорусской традиций, часто в среде служилых людей или крестьянства южных губерний России, куда переселенцы приносили свои фамилии и где их адаптировали под местные нормы.

Церковный покровитель имени — святой мученик Пахомий, пострадавший за веру в XVIII веке: согласно житию, он отказался принять магометанство и был обезглавлен мусульманами в 1780 году. Этот факт примечателен тем, что имя Пахомий, известное с первых веков христианства (достаточно вспомнить преподобного Пахомия Великого, основателя монашеского общежития), в народной среде позднего Средневековья ассоциировалось уже с более близкими по времени событиями. Впрочем, на формирование фамилии это не повлияло: она закрепилась за потомками человека, которого в быту звали Пахомом или Пахоменком, независимо от того, в честь какого святого его нарекли.

Таким образом, фамилия Пахоменков — это классический пример «фамилии второго порядка», где исходное имя прошло через две ступени словообразования. Её носители могут считать себя потомками человека по имени Пахом, который жил, скорее всего, на юге России или в землях современной Украины, откуда фамилия в форме Пахоменко и распространилась дальше на восток и север, приобретя привычное для русского уха окончание -ов.