Фамилия Пахоменков образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Пахоменков послужило церковное имя Пахом. Мужское крестильное имя Пахом (Пахомий) в переводе с греческого означает «широкоплечий». Покровителем этого имени считается Святой мученик Пахомий, который за отказ принять магометанство был обезглавлен мусульманами в 1780 году. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пахом, со временем получил фамилию Пахоменков. О точном месте и времени возникновения фамилии Пахоменков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пахоменков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.