Основой фамилии Пахомеев послужило церковное имя Пахомий. Имя Пахомий в переводе с греческого означает «широкоплечий». Одним из покровителей этого имени считается Святой мученик Пахомий, который за отказ принять магометанство был обезглавлен мусульманами в 1780 году. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пхомий, со временем получил фамилию Пахомеев.