Фамилия Пахоме — редкий случай, когда мы слышим исходную форму имени, а не производную от неё. Большинство русских фамилий образовано с помощью суффиксов -ов, -ин, -ский: Пахомов, Пахомин. Здесь же фамилия представляет собой простое, неоформленное имя. Это характерно для украинской, белорусской и отчасти южнорусской традиции, где фамилии могли застывать в виде имени или прозвища без дополнительных патронимических суффиксов.

В основе лежит каноническое имя Пахомий, которое пришло на Русь из греческого языка. Греческое Pachomios, вероятно, означало «широкоплечий» или «толстый» (от pachys — толстый, плотный). В народном обиходе имя быстро сократилось до Пахом, а в некоторых говорах — до Пахоме. Так что фамилия Пахоме — это напрямую усечённая форма крестильного имени, которая закрепилась за человеком или его потомками.

Интересно, что имя Пахомий было монашеским, его носил основатель общежительного монашества в Египте. Однако на Руси оно стало вполне мирским, крестьянским. В поговорках имя встречается с иронией: «Пахом, с сумой ходит нагишом» — но это скорее игра рифмы, а не указание на реальный социальный статус носителей. Фамилия Пахоме, скорее всего, бытовала в среде простых людей, возможно, в южных регионах России или на Украине, где бессуффиксные фамилии встречаются чаще.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Пахомов — самая распространённая форма, а Пахоме — её редкий вариант, сохранивший живую разговорную форму имени. Носители этой фамилии, вероятно, происходят из мест, где фамилии складывались не по московскому образцу, а под влиянием местных диалектов. Точной географической привязки по фамилии Пахоме нет, но можно предположить, что её корни — в западнорусских или украинских землях.