Фамилия Пахомеев образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Пахомеев послужило церковное имя Пахомий. Имя Пахомий в переводе с греческого означает «широкоплечий». Одним из покровителей этого имени считается Святой мученик Пахомий, который за отказ принять магометанство был обезглавлен мусульманами в 1780 году. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пхомий, со временем получил фамилию Пахомеев. О точном месте и времени возникновения фамилии Пахомеев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пахомеев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.