Фамилия Пахомычев происходит от мужского крестильного имени Пахом, которое в народной традиции закрепилось как более короткая форма канонического имени Пахомий. В переводе с греческого это имя означает «широкоплечий», что, вероятно, указывало на физическую стать или силу предка. В церковном календаре имя связано со святым мучеником Пахомием, который, по преданию, отказался принять магометанство и был обезглавлен мусульманами в 1780 году. Таким образом, потомок человека по имени Пахом со временем получил фамилию Пахомычев.

Если смотреть на словообразовательную модель, то здесь работает редкий для русских фамилий суффикс -ычев. Чаще мы встречаем формы на -ов или -ев (Пахомов), но вариант Пахомычев образован от притяжательного прилагательного «Пахомыч» — так в быту могли называть сына, внука или работника Пахома. То есть сначала возникло отчество-прозвище Пахомыч, а уже от него закрепилась фамилия. Такая модель характерна для северных и поволжских говоров, где формы на -ыч встречались чаще, чем в центральной России.

Интересно, что фамилия сохранила живую народную огласовку имени: церковная форма Пахомий в быту почти всегда превращалась в простое Пахом. Это говорит о том, что предки носителей фамилии были людьми не книжными, а скорее крестьянского или посадского сословия, где имя бытовало в обиходном виде. В документах XIX века Пахомычевы встречаются преимущественно в переписях крестьян и мещан, что подтверждает эту версию.

Отдельно стоит сказать о самом имени: в древности Пахомий носили несколько известных подвижников, но на Руси имя не стало чрезвычайно распространённым, поэтому фамилия Пахомычев относится к числу относительно редких. Это делает её хорошим маркером для генеалогического поиска — если вы носите такую фамилию, велика вероятность, что ваши предки происходят из одного конкретного региона, где имя Пахом было в ходу у местного населения.