Фамилия Пахосов — редкий случай, когда основа неочевидна даже для носителя языка. На слух она кажется производной от «пахос» или «пахость», но ни того, ни другого в русском языке нет. Разгадка лежит в области адаптации греческих имен, и здесь фамилия Пахосов стоит в одном ряду с такими, как Пантелеев, Пахомов или Прокофьев.

Скорее всего, в основе лежит каноническое имя Пахомий, которое в просторечии сокращали до Пахос. Суффикс -ов указывает на стандартную отчествообразующую модель: Пахос → сын Пахоса → Пахосов. Такое стяжение — обычное дело для русской народной традиции: полное церковное имя резали на ходу, и Пахомий превращался в Пахома, а тот, в свою очередь, в Пахоса. Форма «Пахос» встречается в документах XVII-XVIII веков, особенно в северных и центральных губерниях, где приживались краткие варианты имен.

Есть и более экзотическая версия, которую нельзя сбрасывать со счетов. В некоторых говорах «пахос» могло быть прозвищем человека, который «пахосит» — то есть делает что-то небрежно, косо, наспех. Глагол «пахостить» (портить, пакостить) дал бы основу «пахост-», но фамилия пишется через одно «с», что указывает скорее на имя, чем на прозвище с корнем «пакост-». Поэтому версия с Пахомием выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к центральным областям России, изредка встречается на юге, но нигде не образует плотных гнезд. Это типичная фамилия крестьянского или мещанского сословия, возникшая в ту пору, когда церковные имена перерабатывались в бытовые прозвища и закреплялись за родом. Никаких дворянских родов Пахосовых в истории не зафиксировано — фамилия осталась в народной толще.

Что касается ударения, то в разговорной речи оно плавает: можно услышать и Пахо́сов, и Па́хосов. Более логичным с точки зрения происхождения от имени Пахо́с выглядит ударение на второй слог, но окончательно это не закреплено.