Фамилия Пакос — редкий случай, когда корень слова не даёт однозначной подсказки. Сразу скажем: в официальных списках русских фамилий (словари Унбегауна, Никонова) она не упоминается, а значит, перед нами либо очень локальное образование, либо фамилия, пришедшая из другого языка.

Самое вероятное объяснение — прозвищное происхождение от диалектного слова «пакос». В северных и сибирских говорах так называли вредного, пакостного человека — того, кто делает «пакость». Корень тот же, что в глаголе «пакостить» (портить, гадить). Фамилия образована по простейшей модели: прозвище Пакос → фамилия Пакос (без суффикса, так называемая «нулевая» суффиксация). Это характерно для украинской и белорусской традиции, где фамилии на согласный встречаются чаще, чем в великорусской среде. Если предок был выходцем с запада или юга России, такое оформление закономерно.

Вторая версия, менее очевидная, — связь с греческим словом «πάκος» (пакос), означающим «толстая шерстяная ткань», «войлок». В таком случае фамилия могла указывать на ремесло: валяльщик шерсти, торговец сукном. Однако для России это экзотика: греческие корни в русских фамилиях обычно появлялись через духовенство или купечество, но Пакос не похожа на семинарскую фамилию (те чаще на -ский).

Третья возможность — польское или белорусское происхождение от слова «pakos» (связка, пучок, например сена). Тогда фамилия могла достаться крестьянину, который вязал снопы или торговал сеном. Но эта версия слабее: в польской ономастике фамилия Pakos встречается, но крайне редко, и чаще как топонимическая (от названия села Пакосць).

Итог: скорее всего, Пакос — прозвище недоброго или сварливого человека, закрепившееся в западных или южных регионах бывшей Российской империи. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская. Встречается в современных базах единично, в основном в Беларуси и на Украине, реже в России. Если вы носите эту фамилию, ищите корни в тех краях, где говорят на «пакость» как на «пакось».