Фамилия Паькова — редкий случай, когда написание подсказывает произношение, а не наоборот. В ней нет суффикса -ов- в чистом виде: основа Паьк- и окончание -ова (женский род). Мужской вариант — Паьков. Такая орфография почти наверняка отражает диалектное или просторечное произношение исходного имени или прозвища.

Скорее всего, в основе лежит имя или прозвище Пайко (Пайка), которое в южнорусских или украинских говорах могло звучать как «Паько» — с редукцией гласного и смягчением. «Пайка» — уменьшительное от Павел или, реже, от Пантелеймон. В украинском языке имя Павло даёт форму Павка, Павко; в русских диалектах — Павка, Павко. Если звук «в» перед «к» выпал или перешёл в «й», получилось Пайко, а на письме — Паько. Фамилия Паькова, таким образом, может быть вариантом более распространённой Павковой, возникшим из-за особенностей устной речи.

Другая, менее вероятная версия — связь с диалектным словом «пайка» (часть, доля, надел). Тогда прозвище Пайка могли дать человеку, получившему земельный надел, или тому, кто делил добычу. Но для фамилии Паькова эта гипотеза слабее: от «пайка» обычно образовывали Пайков, а написание через «ь» указывает на смягчение, характерное для личных имён.

Фамилия крайне редкая. Встречается преимущественно в южных регионах России и на Украине, где аканье и смягчение согласных — норма. Сословной привязки нет: такую фамилию мог получить и крестьянин, и мещанин. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется, что говорит о её позднем закреплении или локальном бытовании.