Фамилия Падукова — женская форма фамилии Падуков. Её основа — прозвище или нецерковное имя Падук. В русских говорах слово «падук» имело несколько значений: так называли лесной овраг, лог, поросший кустарником, а также — в некоторых диалектах — молодого, неопытного человека, «падука». Человек мог получить такое прозвище по месту жительства — у оврага, в низине, — или по характеру: неуклюжий, простоватый.

Модель образования проста: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?»), то есть Падуков — сын или потомок Падука. Это типичная для русских фамилий патронимическая модель, самая массовая в северных и центральных областях России. Суффикс -ов закрепился за основами на твёрдый согласный, что и произошло с «Падук».

Интересная деталь: фамилия Падуков встречается реже, чем можно было бы ожидать от распространённой географической основы. В ономастике известен также вариант Падуковский — с суффиксом -ский, характерным для польской и западнорусской традиции. Падуков, скорее всего, чисто великорусская фамилия, возникшая в среде крестьян или посадских людей, где прозвища по природным объектам были обычным делом.

Если отталкиваться от значения «овраг», то предок носителя фамилии жил в овражистой местности, возможно, на юге или в средней полосе России, где слово «падук» было в ходу. Второе значение — «нескладный человек» — тоже вероятно, но прозвища по месту жительства давали чаще, и они лучше сохранялись в фамилиях.