Фамилия Падукина — женская форма фамилии Падукин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем предка по мужской линии. Основа фамилии — «Падука» или «Падук». Здесь мы сталкиваемся с неочевидным корнем, который требует разбора сразу нескольких версий.

Самая вероятная версия отсылает к диалектному слову «падука» — так в некоторых русских говорах называли падучую болезнь, то есть эпилепсию. В этом случае прозвище Падука мог получить человек, страдающий этим недугом. В народной среде такие прозвища давались без злого умысла, по внешнему или поведенческому признаку, и фамилии на их основе — не редкость. Подтверждение этой версии — существование однокоренных фамилий Падучев, Падучих, Падунов, где корень «пад-» связан с падением, припадком.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — происхождение от уменьшительной формы канонического имени Падука, которое могло быть народной переделкой крестильного имени Павел или Пантелеймон (например, через формы Падул, Падуха). Однако такая модель словообразования для русских фамилий редка, и без письменных источников XVI–XVII веков утверждать её сложно.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Падукин — сын Падуки. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на «-ин» образуются от основ на «-а», «-я». Географически фамилия Падукина встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение — именно в этих регионах слово «падука» было в ходу.

В дворянские родословные книги фамилия не попала, что говорит о её крестьянских или мещанских корнях. Носители фамилии, скорее всего, были людьми из простонародья, и прозвище закрепилось за родом по мужской линии ещё в XVII–XVIII веках, когда фамилии только начинали массово оформляться у непривилегированных сословий.